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【j2开奖】你是我的眼——清华大学李雪明与电镜的不解之缘(2)

时间:2016-12-13 10:05来源:118论坛 作者:118KJ 点击:
今年,课题组又有两篇论文即将发表。我们怎样看到这个世界,怎样嗅到千万种气味?视觉和嗅觉信号如何转换为电信号?这离不开我们体内一种叫做CN

  今年,课题组又有两篇论文即将发表。我们怎样看到这个世界,怎样嗅到千万种气味?视觉和嗅觉信号如何转换为电信号?这离不开我们体内一种叫做CNG的离子通道,它的开闭由信号分子cAMP控制。有趣的是,CNG通道的结构与电压门控的离子通道非常相似,却不像后者那样由电压的变化控制。李雪明与哥伦比亚大学的杨建教授合作,用单颗粒冷冻电镜技术解析了CNG通道和cAMP配体结合时的结构,试图解释离子通道独特性质背后的基本机制。

  在另一篇论文中,李雪明课题组解析了一种细菌外膜分泌孔道的结构,它能转运细菌合成的大分子毒素。李雪明说:“我们想由这个分子建立研究体系,支持后续的技术研发。”现有的技术需要将膜蛋白从原来的生物膜环境上剥离下来,才能看清它们的庐山真面目,但这样粗暴的手段会破坏较大的复合体,还可能会改变蛋白的构象。如果能跳过这个步骤,直接采集天然生物膜环境下的蛋白质复合体结构信息,我们对大分子结构的理解势必会得到很大的推进。李雪明说:“我们希望从分泌孔道系统入手,让电镜炼就一双火眼金睛,有朝一日无需提纯蛋白,就可以看清细胞膜上的蛋白结构。最新要发表的工作就是万里长征的第一步。”

  电镜自动化技术:解放结构生物学家的双手

  生命世界纷繁而广阔,需要解析的生物大分子结构数不胜数。不仅如此,就像我们可以从一个简单的单词扩展出若干复杂词汇一样,一个结构也会延伸出若干个相关的结构,同时还会涉及和其他分子之间的种种相互作用,从而引起相应的结构变化,花样翻新,这些都对结构解析能力提出了更高的要求。以一个人一年能解析两个生物大分子结构估计,如果完全靠人力解析,时间周期将过长,因此我们需要用自动化技术应对这些挑战。

  李雪明说,一方面,自动化能够完全把人解放出来,自主地运行并完成结构解析任务;另一方面,也能利用大规模的集群运算,快速而高效地解析结构。最重要的是,自动化能够让生物学家无需为学习电镜使用、样品制备、图像处理而分散精力,把更多的精力集中到解决真正的生物问题上。

  

【j2开奖】你是我的眼——清华大学李雪明与电镜的不解之缘

  图3. 电子显微镜

  那么,如何把之前只有人才能完成的任务交给机器?在实验操作过程中,人相较机器有哪些优势?复杂的生物研究材料总会存在一定差异,需要用人凭借经验来判断这些差异,修正实验操作。即使按照同样的实验方案(protocol)操作,有时也难以保证每次生化实验都能成功,譬如有的实验室提纯蛋白质的能力很强,别的实验室用同样的实验方案却依然难以复制前者的成功经历。李雪明说,我们面临的挑战就是将人的经验转化为机器的量化语言。首先,要有精确的测量手段,为下一步的判断提供可靠的数据;第二,要有量化的评估指标,可以不依赖人,而由机器来决定下一步选择怎样的实验方案。人工智能的一些技术,如深度学习,或许可以帮助机器进行决策。

  李雪明对电镜自动化技术的发展比较乐观,他说:“现在,具体的模块的技术已经相对成熟了,几年之内应当能实现较高程度的自动化。”他认为,随着样品制备、数据采集等技术的进步,结构解析的效率也会进一步提高。在不远的将来,一台电镜一天也许就可以解好几个生物大分子结构,而一所学校一年可以解成百上千的结构。各个学校共同合作,会使结构生物学领域有突飞猛进的进步。

  技术性研究需要更多支持

  用电子显微学解析生物大分子结构,需要很高的采购和维护成本,这势必涉及学术界内外多方面的合作。清华结构生物学高精尖中心是一个很好的平台,它的成立,有包括北京市政府乃至国家层面的支持。“这样一件事在清华发生,是非常难得,也非常鼓舞人心的。”李雪明高兴地说。

  不过,李雪明也从一名科学家的角度提出了建议与展望。他认为,国家的支持重点需要从单纯提供经费向支持人才的发展转变,同时,技术研究的体量和投入其实不应小于应用研究。技术的覆盖面很广,它可以是软件、硬件或是一种想法,是基础性的工具,并支持应用研究的进行。李雪明认为,国内对技术创新的重视程度和支持力度还很不够,经费经常十分紧张,一定程度上造成尖端技术的发展较为缓慢。

(责任编辑:本港台直播)
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