昨日（11月11日），自然出版社旗下英文期刊 Cell Research (《细胞研究》) 在线发表了题为《基于 NgAgo 的 fabp11a 基因敲低引起的斑马鱼眼睛发育缺陷》的论文，通讯作者为江苏南通大学神经再生重点实验室副教授刘东。自韩春雨今年5月在《自然-生物技术》发表 NgAgo 基因编辑技术之后，这可能是第一篇通过正规途径发表的有关 NgAgo 的学术论文。论文发表后，多位同领域科学家随即接受《赛先生》采访，对此论文进行点评。

1. 这篇论文是否证明了韩春雨工作的可重复性与重要性？

　　李大力（华东师范大学生命科学学院研究员）、程临钊（约翰霍普金斯医学院 Edythe Harris Lucas and Clara Lucas Lynn 讲席教授）、王皓毅（中科院动物研究所研究员）、谷峰（温州医科大学教授）、魏文胜（北京大学生命科学学院教授）、黄志伟（哈尔滨工业大学教授）等多位科学家共同表示，该论文并没有重复出韩春雨实验的结果，没有观察到基因编辑现象。

　　程临钊认为，这篇关于斑马鱼的文章讲的是基因敲低现象，很明显，这并没有为韩春雨报告的基因编辑技术提供任何新证据。他说：“该论文并不是对韩春雨文章的验证。”

　　魏文胜称，这篇文章表明在斑马鱼中NgAgo不能造成碱基插入与缺失，仍然无法实现基因编辑。

　　谷峰则非常直接地表示：“这篇文章证明，韩春雨报道的基因组编辑工具 NgAgo 无法对斑马鱼基因组进行编辑。”

　　文章作者之一王永明（复旦大学生命科学学院研究员）称：“我们的文章是在斑马鱼里做的。结果显示不能切割 DNA，但是可以抑制基因表达，我们推测是结合到了靶基因上并阻止其转录，这并没有支持或者反驳韩春雨教授的结果。”

　　对此，李大力和王皓毅均表示，论文中描述的抑制基因表达的“敲低”有多种可能的机制，论文作者“推测”其机制与 DNA（抑制转录）有关，但没有给出任何证据表明这一点。因此，该论文与韩春雨提出的基因编辑技术并无直接关联。

2. 韩春雨的 NgAgo 论文发表之后的第一个月，好几个实验室都宣称在细胞中观察到了“基因编辑”，后来在测序之后又纷纷否定之前的结论，是否与这次报道的“基因敲低”（knockdown）有关？

　　王皓毅评论，这是很有可能的，但是不做系统对照实验（control）的话，很难区分是 gDNA 单独起作用还是 NgAgo 在起作用，所以并没有确定的结论。他认为，在斑马鱼中观察到的可能是瞬时的基因敲低（knockdown）效果。他本人实验室做过的唯一的功能相关实验是 Hprt 基因的敲除，但因 6-TG（6-巯基嘌呤）的筛选实验过程比较长，可能观察不到瞬时敲低的效果，而 CRISPR技术的敲除实验则有很明显的变化。

　　魏文胜表示，他的实验室利用 NgAgo 在初期也观察到了某些表型变化，但之后意识到这只是基因敲低的结果，而非基因敲除。敲低本身并不令人惊讶，因为 Agonaute 蛋白在真核细胞中就是通过 RNA 来介导基因敲低。

　　北京大学分子医学研究所教授熊敬维则说，他们尝试过4个斑马鱼基因的突变实验，有一个基因有表型，但没有发现突变，就放弃了。另外，他们还构建了 FokⅠ-NgAgo 融合蛋白来研究 NgAgo／gDNA 是否在 293T 细胞中有介导靶基因突变的功能，他们研究了3个靶基因，没有发现突变，这个实验也不支持 NgAgo 有基因编辑功能。

　　此外，谷峰表示，在他们实验室 NgAgo 的实验里既没有观察到基因编辑，也没有观察到基因敲低，所以对此不予发表评论。

3. 那么到底什么是基因敲低和基因敲除？与基因（组）编辑有什么区别？

　　简单说来，我们的生命活动基本由蛋白质作为机器来完成（RNA 的功能也正在越来越多地被发掘），根据中心法则“DNA-RNA-蛋白质”最简化的套路，如果想抑制某个蛋白的功能，可以从 DNA、RNA、蛋白质三个层面进行调控。在 DNA或者基因组水平的调控是最彻底的，基因组编辑（genome editing）即对基因组上的目的基因进行删除、突变、或插入，历史上沿用至今的常用工具包括ZFN（锌指蛋白酶）、TALEN 和 CRISPR。在RNA层面的编辑最常用的是RNA干扰，通过抑制RNA的转录或者促进 RNA 的降解从而降低 RNA 水平，影响其翻译成蛋白质以及相关性状的发生，被称为“敲低”（knockdown）。

　　中心法则图示。（图片来源：网络）