他和合作者们曾经成功地使用前三代基因编辑技术(ZFN、TALEN和CRISPR/cas9)对大量果蝇基因进行了高效率得编辑。但在被誉为第四代基因编辑技术NgAgo上,王立铭和合作者们先后在两个月时间内,测试了上百种实验条件,试过不同的基因组位点、基因编辑路径、成分配比等等,皆无起色。“在我们测试过的所有条件中,我们都没有观察到NgAgo方法对果蝇基因组的编辑活性。” 中科院动物研究所研究员王皓毅尝试过完全按照韩春雨论文中的要求进行实验,“我有两个学生,独立地在重复,严格地按照他(韩春雨)发表的细胞系中,使用文章中报道效率较高的三条gDNA进行内源基因的编辑,我们也尝试了去改进(二次转染gDNA、延长培养时间等),但没有阳性结果。所以我们也就不想再在这上面浪费时间了。” NgAgo或许不具备双链DNA切割活性 此前,在分析NgAgo技术为何出现大面积无法重复时,曾有业内人士从科学角度分析,韩春雨论文中称NgAgo可引发宿主染色体靶向位点的DNA双链断裂,这或许缺乏事实依据和理论依据。 哈尔滨工业大学教授黄志伟从事结构生物学方向的研究,他对通过NgAgo“编辑”的200个左右的克隆进行了测序,仅发现有几个克隆有点突变,并没有看到基因敲除和插入。黄志伟说,NgAgo是韩春雨通过Ttago基因催化位点的保守性找到的,如果把保守催化位点氨基酸突变掉,NgAgo应该没有活性。但黄志伟告诉澎湃新闻,韩春雨曾“亲口”告诉他,“NgAgo突变体还有活性”。黄志伟认为“这也很不合乎常理”。这也说明NgAgo的所谓“活性”或许不是来自于它本身。黄志伟认为,这也可能解释了韩春雨文章中,没有突变体或者没有不加NgAgo对照实验的原因。 北京大学生物动态光学成像中心研究员孙育杰的实验室专长荧光成像,近来一直致力于发展和使用基于CRISPR和TALEN等基因编辑技术实现染色质DNA的荧光标记,相关成果已经发表。在韩春雨论文发表后,孙育杰实验室也跟进了。在向澎湃新闻描述他的跟进结果时,孙育杰表示,自己所在的实验室尝试用NgAgo去切割两个内源基因以及整合在基因组的gfp基因,都没有做出来。 更重要的是,作为其实验室最在行的荧光成像,也就是用NgAgo去做基因位点标记时,他们发现用NgAgo无法标出端粒,这意味着“NgAgo未必有结合和打开双链DNA的能力”。 孙育杰进一步解释:端粒有一个特点,它有数千个重复片段,如果用CRISPR或者TALEN这样的技术去target(靶向)端粒的重复片段的话,由于它有上千次重复,数百、上千个CRISPR或TALE会富集在那些位点,所以在荧光显微镜下一眼就看见了,并且这一结果在世界上多个实验室都已重复出来并发表在多篇文章中。现在对端粒设计NgAgo,我们看不到它上去。“我们这个实验,基本上可以推测出NgAgo没有结合双链DNA的能力。”孙育杰说。(本文经“澎湃新闻”授权转载。) 延伸阅读 ① ② ③
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