同年8月，华夏时报的报道指出，atv，同类企业中，华大基因可参照的只有美国公司Illumina，这是全球最大的基因测序设备公司，当年2月6日Illumina公司股价为192.64美元，市值超过270亿美元，市盈率高达两百多倍。目前，该公司的股价约为174美元。

　　目前，公司的估值有所下降。根据招股书，公司本次发行前总股本 36,000 万股，本次发行的股票数量不低于 4,000 万股，募资总额17.32亿元，即公司目前估值155亿元。有媒体指出，公司过了一年半，估值跌了30多亿，是跌落神坛。

　　按公司目前2016年净利润3.5亿元，市盈率约为44倍。

　　根据同花顺软件，截止今日收盘，目前A股上，化学制药板块市盈率约为52.2（每股净资产3.97）、医药商业37.16（ROE6.34）、生物制品69.41（ROE 4.07）、医疗器械服务84.03（ROE 2.92）。

　　据21世纪经济报道，华大基因其中一家机构股东董事长表示，“虽然市场上有不少生声音认为华大基因的估值已经被炒得过高，但我们认为对这种代表未来变革的公司应该用长远的眼光来看。”