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报码:【j2开奖】头条 | 基因测序:讲治癌症的故事、资本蜂拥而入,但还远不是投资泡沫(3)

时间:2016-12-07 14:35来源:香港现场开奖 作者:118开奖 点击:
而带有探索性的复杂的检测,例如肿瘤诊断及治疗,需要高通量测序,检测出的突变结果可能没有明确的标准,需要探索和研究,对团队技术要求高。 ▲

  而带有探索性的复杂的检测,例如肿瘤诊断及治疗,需要高通量测序,检测出的突变结果可能没有明确的标准,需要探索和研究,对团队技术要求高。

  

报码:【j2开奖】头条 | 基因测序:讲治癌症的故事、资本蜂拥而入,但还远不是投资泡沫

  ▲NIPT检测

  以市场规模最大的肿瘤检测方向为例:

  根据illumina的测算,在所有这些应用中,目前针对人类第一大杀手疾病——肿瘤的基因测序将会占比最高,市场需求最大。

  关于国内的肿瘤测序市场规模方面,可以做个简单的测算,目前每年新增癌症患者300万人左右,且发病率呈上涨趋势。每个病人的诊疗花费大约在10万,整个市场规模大约在3000亿,而根据医疗过程中,药、检、诊所占的比例,肿瘤的基因诊断市场规模可达百亿级别。

  肿瘤本身是一种基因病,肿瘤细胞的基因在不断的发生突变,肿瘤组织是动态变化的,每个时期所检测出来的基因组可能都有发生变化,目前相关的知识和数据均处在摸索和积累阶段,仍然需要不断的临床实践和研究投入。

  关于肿瘤的NGS基因检测,目前主要有两类,一类是实体瘤的突变基因组panel测序,一类是外周血的ctDNA检测。ctDNA是液体活检的一部分,液体活检还包括CTC和外泌体的检测。

  开发实体瘤NGS panel的代表公司有Foundation Medicine (FMI),该公司的主要产品FoundationOne检测315个癌症相关基因的编区和28个基因内含子的重排区,其检测方法2013年在Nature Biotechnology上发表。但正如MD-anderson癌症中心的病理专家指出,实体瘤NGS panel只是测量实体肿瘤的某一时刻的状态,而不能追踪到肿瘤发生的全过程,人体内肿瘤的状态是会随着时间不断变化的。如对于已经发生转移的癌症患者,如果仅仅取某个部位的癌组织,并不能反应患者的整体情况,但对所有癌组织都取样又不好操作。并且,实体瘤组织活检的相对滞后性对患者的治疗也不利。

  

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  ▲FoundationOne的主要检测项目

  ctDNA的监测则只需要外周血标本,可以实时开展。外周血中的ctDNA的含量与肿瘤负荷及肿瘤进展相关,通过NGS对ctDNA进行定量分析,可以更早的发现肿瘤的变化。

  

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  ▲ctDNA检测

  ctDNA另一个应用是肿瘤的早期筛查。最新的研究证明ctDNA在肿瘤早期已存在于外周血中,如果开发出高灵敏的检测方法,可以作为很好的先导指标,较影像学及其他检测更早的发现肿瘤的发生。

  另外,在肿瘤的治疗过程中,ctDNA也能较好的监测肿瘤的复发及状态变化,对残留的微病灶进行 (MDR)进行监控。

  ctDNA的检测相对于实体瘤的NGS panel检测要求更高一些。较早进入ctDNA检测领域的代表公司如约翰霍普金斯大学创立的PGDx公司,该公司在2014年获得了无细胞DNA分析的许可,目前其在ctDNA领域有多项领先技术。

  

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  ▲PGDx公司的ctDNA检测产品:PlasmaSELECT 64

  目前,Illumina、塞默飞、FMI等公司均在研发ctDNA检测。如Illumina公司在2015年投资4000万美元的Grail 公司,据FastCompany报道,atv,近期有望完成一笔17亿美元的融资该公司计划,以在英国开展涉及50万人的大型ctDNA临床试验,目的正是为了划定正常人的ctDNA基线,从而开发设计出肿瘤早筛产品。

  行业里什么公司能够建立自己的竞争壁垒?

  实际上,基因测序服务并非大家通常所理解的仅仅是测序,这只是其中的一步。整个过程实际上包括: 样本处理(提取、建库及捕获),上机测序,架构算法及数据处理,医学注释对应解读及问题解决

  在这四个步骤中,除了上机测序只需要买illumina等公司的测序仪直接测,没有什么壁垒之外,其他三个步骤各公司之间差异大,均可形成壁垒。

  以肿瘤的ctDNA检测为例,因为血液中的ctDNA含量低,捕获技术显得尤为重要。目前主要的方法有罗氏旗下的NimbleGen在2014年发布的CAPP-seq技术,以及约翰·霍普金斯PGDx的Bert教授发明的Safe-SeqS技术,文后附参考文献。目前市场上做ctDNA的公司基本都是采用这两种技术。另外,贝瑞和康的cSMART捕获技术仅用于NIPT,还没有应用于肿瘤的文献及报道。上面两种技术虽然已经公开报道,但是每个公司的实验室掌握情况可能并不相同。 据我们调研的一家公司,他们在做ctDNA检测时,捕获技术的实验摸索就花了一年多的时间,对分子实验团队的要求比较高。

(责任编辑:本港台直播)
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