如果我们把人类比作计算机。那么,基因就是人类的编码。每个人都有自己独一无二的一套基因。这些基因里包含着太多的信息,但它也会出错,这就有了基因突变,它会导致人患病、过敏,就好像计算机出了bug一样。 那么,如何获知自己的基因信息呢?答案是基因检测。 或许你们都听说过亲子鉴定,这其实是一种简单的基因检测,只比较极少数的基因片段。但是,人总共拥有23对染色体,2万多个基因,这里又包含了32亿个碱基对(形成DNA、RNA及编码遗传信息的化学结构)。所以,进行全基因组的测序,是个多么庞大昂贵的工程啊。 (人类的23对染色体) 但是,近年来有家叫做illumina的公司,通过技术成功将基因测序的价格从数十万美元/基因组降低到1000美元左右/基因组。于是,通过基因检测做医疗分析诊断成为了病人负担得起的方案。 请输入图片描述 (illumina的基因测序仪) 那么,新的难点又来了 —— 得到病人的大量基因数据后,如何分析呢?如何比对找到问题基因呢?人工来做的话,又将花费十几个星期的时间。 今天,探长前往一家基因检测领域的数据公司Omicia,独家采访了他们的CEO Matt和联合创始人Martin,听说他们的技术能将基因组数据分析的费用大大降低,提高罕见病和癌症的确诊率,商业潜力无穷。 请输入图片描述 (Omicia的CEO Matt,以及联合创始人Martin) Omicia成立于2009年,是一家基因数据分析公司。他们的核心产品叫做Opal,是一种可扩展的统一临床基因数据库(超过25000个基因组)解决方案,能够快速对病患基因组进行分析,提供精准诊断。 在认识Omicia前,让我们先了解下他们要处理的数据。组成DNA的碱基包括腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C),它们的排列顺序组成了你的生命编码。就像这样: ... 这可只是亿万级数据的一小部分而已! 为了解释Omicia在做的工作,Matt给探长画了张图。 (整个过程就是给你的基因信息debug) 简单来说,他们能将这庞大的基因数据(可以抽象理解为由ATGC这四个字母组成的超长序列)中的异常情况找出来。这其中就需要连接超过90个基因数据库,利用复杂的算法,快速和全世界的科研数据和研究发现进行比较,j2直播,形成基于ACMG Guideline的5种分类标准,整个过程是个庞大的机器学习过程。这之后,就会生成一个可以让医生读懂的报告,方便他们对该病人进行特殊的诊断治疗。 Omicia分析显性基因组只需要低于10秒钟的时间。而全基因组分析也在10分钟以内。要知道,传统的方法平均需要花上3天的时间! 所以,Omicia之于医疗行业的意义,就是大大降低了基因分析的时间,从而帮助医院和研究机构节省了大量的医疗成本。如果这位病人是在重症监护室(ICU)等待诊断结果,那么省下的不仅仅是金钱,更是活下去的可能性。 (Omicia和加州圣地亚哥的Rady儿童医院合作,原本平均需要在重症监护室内待15个星期的患病儿童,有了Omicia的帮助,只需大约3天时间即可确诊) 对于医疗领域的实际价值 Omicia可以提供信息给医生,帮助诊断遗传病。譬如,直播,乳腺癌就是一种具有遗传性的疾病。著名影星安吉丽娜·朱莉就是为了预防乳腺癌而进行了双乳切除手术。朱莉的母亲、外婆、阿姨都是死于癌症,医生说她体内的基因让她患乳腺癌的几率高达87%,于是她就做出了这个决定,防患于未然。通过Omicia基因测序的排查,每个人都可以获知自己基因中存在的遗传病因子,这或许是一种消费级产品的可能性。未来,通过Omicia的平台,我们在体检的项目中或许可以加入一项遗传病基因检测呢。 (责任编辑:本港台直播) |