当时淘宝宣布升级商家管理系统，并出台了一系列的规则调整。例如规定从2012年起向商家收取的年费将从现行的每年6000元调整到3万元或6万元两档，卖家缴纳的消费者保证金也将从现行的1万元，调整到1万元至15万元不等。总体上提高了卖家入驻淘宝要缴纳的保证金水平，同时也加大了对侵害消费者利益商家的惩处力度。

　　此举遭到中小型淘宝卖家的强烈反对，当时有5万多名网友结集在YY语音，有组织性的（“反淘宝联盟”）对淘宝商城的大卖家实施“拍商品、给差评、拒付款”的恶意操作行为。造成了十多大型淘宝商城店铺被网民“攻陷”，部分或全部商品被迫下架。

　　为此，马云向淘宝商户发出一封公开信，他再次表态：淘宝新规是为了最大限度地保证普通消费者的利益，为了整个网购环境的健康可持续发展，并非为了“圈钱”。他说：“淘宝是我们大家的淘宝，它不属于马云一个人!”，强调了淘宝的发展离不开广大中小卖家的鼎力支持和辛勤劳动，并且希望广大卖家能理解和支持淘宝的改革。

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　　2012年2月：阿里巴巴B2B公司私有化

　　当时，在香港上市将近5年的阿里巴巴B2B公司股价持续下跌，并于2月下旬宣布以每股13.5港币（与当年IPO价格持平）的价格私有化，引起业界的广泛关注和持续讨论。在这种情况下，马云先后发表了对内的员工信和对外的股东信表明立场。

　　马云称，当时的国内外经济形势严峻，一方面中国的中小企业面对着原材料、汇率和劳动力成本的不断增加，另一方面国际上欧债危机和美国经济复甦缓慢也导致了海外需求的疲软。再加上阿里内部去年爆出的欺诈事件导致CEO卫哲、COO李旭晖辞职，也对阿里B2B公司的发展产生了很大影响。他表示，这些都导致阿里巴巴B2B业务面临着巨大的挑战，也催促着阿里加快业务转型和升级的决心。

　　马云在信中表示：局部的小调整已经没有办法对阿里B2B进行根本性的完善，此次私有化是出于对股东负责任的态度，也为了阿里未来更买好的明天。他说：“我们在业务进展的过程中也深切感受到，改造一个成熟模式的困难远远超过我们的预期。局部的小调整已经没有办法对阿里巴巴进行根本性的完善。观察我们同行这几年的发展趋势和我们对未来两三年的形势判断，我们坚信只有进行彻底的改变，才能满足客户对我们的期望，也才有可能确保阿里巴巴的持续发展。”

　　原文链接：员工信 股东信

　　2013年1月：马云辞去阿里巴巴集团CEO职务

　　当月15日，阿里巴巴集团董事局主席兼CEO马云发表内部信宣布，从当年5月10日起将不再担任阿里巴巴集团CEO一职。

　　马云表示，此时提出辞职，“绝无偷懒之想法，我是看到阿里年轻人的梦想比我更美，更灿烂，他们更有能力去创造自己的明天。”同时他表示，在接下来的几年内，将主要负责阿里巴巴董事局的战略决策，协助CEO做好组织文化和人才的培养，“并将会和大家一起加强和完善阿里的公益事业”。

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　　2014年5月：阿里巴巴纽交所上市

　　当时，阿里打算在纽约证券交易所上市，在向美国证劵监管委员会正式递交上市注册登记书之前，马云向内部员工发出了一封内部信。

　　除了表达感恩，马云强调：“上市从来就不是我们的目标，它是我们实现自己使命的一个重要策略和手段，是前行的加油站。”他提醒全体阿里人不要忘记“客户第一，员工第二，股东第三”的原则，不要忘记“让天下没有难做的生意”的使命，要清醒认识到上市后资本市场巨大的利益诱惑和背后隐藏的巨大压力，在理想的道路上继续前行。

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　　2014年9月19日，阿里巴巴集团正式在纽约证券交易所敲钟上市。截至收盘，阿里巴巴股价报93.89美元/股，较68美元/股的发行价上涨38.7%，阿里市值达到2314.39亿美元，超越Facebook，成为仅次于谷歌的全球第二大互联网公司。当月早些时候，阿里向美国证券交易委员会提交IPO增补文件时，马云还曾发表过一封致投资者的公开信。

　　在信中，马云系统阐述了阿里巴巴在使命、愿景、商业模式、如何面对挑战、怎样解决问题以及治理机制等方面的思考。他将阿里巴巴概括成是一家真正相信并践行使命驱动的公司，是一个由成千上万相信未来和相信互联网的有志者共同投入了大量精力建立起来的生态系统。

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　　2014年6月：UC优视全资融入阿里巴巴集团