按照一审判决的认定，被分掉的50万元全部来自被套取的课题经费；而陈哲宇的一审辩护律师认为，在李琳保管的套用经费中，这笔钱与李的个人财务、实验室和其他公司正常业务往来都混在一起，并且，湖星公司在运转的两年多，还有大约20万元盈利，这些钱存在“交叉使用”，客观上无法区分分掉的50万元是否全是注册资金，也就是课题经费。

　　不过，一审判决载明的李琳、张述和刘立梅的供述显示，陈哲宇曾告知他们，因公司利润尚未计算，4人先分50万元“注册资金”。

　　陈哲宇对此的说法也有变化。在到案的第一时间，他曾称几人分掉的是“注册资金”，后期则改口“说不清楚”：“湖星公司的注册资本是50万元，我们后来分的总数就是50万元，所以我曾说分的就是‘注册资金’，但钱都是现金，分不清是资本还是盈利。”

　　关于说辞的改变，陈哲宇解释：“原来（接受）审讯的时候觉得很累，很多情况很突然，一时没有想清楚。”

　　未兑现的收入远多于“赃款”？

　　陈哲宇及其辩护人强调，认定贪污罪的50万元涉案数额，实际应该扣除陈应得的正当收入——项目组成员加班费、劳务费、科研绩效、相关荣誉奖励、医学院教学维持费等，合计数百万元，远远超过被指贪污的50万元。

　　在他们看来，这意味着，国有财产并没有受到损失，也就是说，陈哲宇并无贪污行为。

　　陈哲宇称，在完成教学任务的同时，他和团队成员长期加班加点进行科研，经常“五加二”“白加黑”，一年四季几乎天天加班，每天工作12小时以上，例会也都定在周日召开，他们却从未领取过加班费。

　　事实上，一些陈哲宇原本应拿到的绩效经费，在山大工作期间并未得到。“这些费用应该从科研经费中支出，而奖励他一直没领取过。”周泽律师说。

　　例如，2008年发布的《山东大学纵向科研经费管理实施细则》显示，纵向科研经费的支出范围之一为人工费，包括劳务费、专家咨询费以及其他人员的费用，人工费的开支可以按照20%的比例执行。对于不上缴的纵向科研结余经费，可按照项目负责人专设科研发展基金，科研发展基金可适当用于劳务费、专家费和本课题组人员的加班费、保健津贴、业务招待费等开支。

　　对此，根据山大财务部专项资金科工作人员和山大科研管理办公室副主任栾维东解释，文件中的劳务费是为没有工资性收入的人员设立的。

　　陈哲宇的一审、二审辩护律师均表示，在山大就职期间，陈哲宇的科研项目实际上还有很多，除去一些国家明确禁止编列人员经费支出预算的项目，其他均可支出人员经费。同时，劳务费仅为人员费之下的分支项，还可以支出其他人员费用即项目组成员的加班费。

　　此外，课题的结余经费也有渠道进入项目负责人的专门账户。2013年12月，atv，山大发布的《山东大学科研项目结题结账及结余分配管理暂行办法》规定，结余经费可分配不超过55%进入项目负责人科研绩效费账户。

　　“这些文件表明，在2014年1月1日以前，陈哲宇可以领取结余经费支出课题组成员加班费、保健津贴等；在此之后可以提取55%的科研绩效。”陈哲宇的一审辩护人说。据他初步计算，两类金额合计超过140万元。

　　2015年12月8日，山大科学技术研究院曾做统计：截至2015年11月，陈哲宇到期结题的科研项目共计9项，全部为纵向科研项目。其中有4项的结余经费为0，1项未办理结题结账手续，有1项在新管理办法施行后办理手续，剩下3项共余76万元左右。

　　山大财务部副部长何维兴认为，这个办法明确规定了项目结余经费的分配流程，结余经费的分配必须经过一系列的学校程序：对科研人员的绩效奖金发放的前提是，领取该账户里的资金必须经过学校财务部门的批准审核，缴纳正常的个人所得税后领取。“陈哲宇负责的项目中，没有任何一个履行过上述程序，陈哲宇个人也没有通过正常程序办理过绩效费的领取”。

　　陈哲宇有“长江学者”“泰山学者”两个称号。按最初的规定，这两个称号每年各有奖金或岗位津贴10万元。而据他称，长期以来，山东大学并未支付他“长江学者”的奖金。

　　被逮捕后，2015年12月11日，山大人才工作办公室出具了《关于陈哲宇“长江学者”、“泰山学者”岗位津贴发放情况的说明》，称2011年，“泰山学者”规定，当年进入二期管理的专家岗位津贴提高至每年30万元，而陈哲宇在“泰山学者”的聘期内又入选了“长江学者”，按照学校对于高层次人才的支持原则，同时入选两个及以上人才项目的专家，只能就高享受一个项目的支持待遇。