2012年初，王立军、薄熙来案爆发。4月10日，中央政治局原委员、重庆市委原书记薄熙来落马。一年半之后，2013年10月，薄熙来受贿、贪污、滥用职权案宣判，薄熙来获无期徒刑。

　　当时，媒体报道称马馼是“薄熙来案专案组组长”，“具体负责对薄熙来案的调查，还负责对前铁道部部长刘志军案的调查。”

　　“我得澄清一下。首先，这些大案都是在党中央的领导下查办的，而我只是参与调查刘志军案件，做一些具体的工作。大家可能觉得我是在部长的位置上，当时的大案都是我在办，其实不然，薄熙来案的调查另有他人，我并不是薄熙来案专案组组长。”马馼说。

　　2013年3月，65岁的马馼退出纪检岗位，转任全国人大，担任内务司法委员会主任、代表资格审查委员会主任。

　　到全国人大任职3年多，马馼多次外出赴国家部委、地方政府、企业等，就监督立法、经济发展、慈善事业等调研座谈，为法律修订提供依据、收集建议。

　　她曾在人大常委会会议上，对“民告官”做出建议。她说，行政诉讼是解决行政纠纷的最后一个手段，行政复议应该由政府法制部门受理，行政复议法应加紧出台，“最根本的是减少行政纠纷，促进行政机关依法行政。如果你有非法行政行为，要受到法律纠正，行政机关依法行政的观念、能力不强，才会产生大量行政纠纷。”

　　事实上，马馼并非首次担纲督导小组组长。2013年，她还作为党的群众路线教育实践活动第二十督导组组长，赴外文局组织中心组学习。