在大学科研拨款中，应该使非竞争性拨款与竞争性拨款保持适当的比例关系。非竞争性拨款通常由大学自主决定如何使用，受到拨款机构的约束比较少。而竞争性拨款通常要受制于拨款机构的各项规定。相关的科研经费通常由负责科研项目的研究人员或研究团队支配，大学不能统筹使用。同时，两类拨款方式也与科学研究中的自由探索研究和项目研究具有密切关系。

　　我国科研经费结构不合理的问题相当严重。自1985年科技体制改革以来，竞争性项目拨款逐步取代了财政保障拨款，成为我国从事基础研究机构的主要经费来源。据有关部门统计，中央级科研经费（民口）中竞争性经费一度达到接近80%的比例。高校的状况也相当严峻。我国政府为大学提供的科研经费主要来自国家自然科学基金委、863项目、973项目和国家科技支撑计划等国家大型科技计划的竞争性经费，非竞争性科研经费包括为专职研究人员提供工资和福利待遇等所需的经费、满足大学系统内实体科研机构的基本运行经费，缺乏支持自由探索的经费。

　　为了改变这一状况，财政部、教育部于2008年推出了中央高校基本科研业务费。但是在我国的大学科研拨款中，非竞争性经费还是远低于竞争性经费，结构仍然不合理。

　　（三）收费调整受到限制

　　在高等教育阶段，实行成本分担、收取学费，在世界范围内，特别是在美国、英国和澳大利亚这些高等教育发达国家，已经成为解决高等教育办学经费紧张的通行做法。

　　我国在上世纪末实现高校学费并轨，实行高等教育成本分担。根据2007年发布的《国务院关于建立健全普通本科高校高等职业学校和中等职业学校家庭经济困难学生资助政策体系的意见》，除国家另有规定外，5年内各级各类学校的学费、住宿费标准不得高于2006年秋季相关标准。目前，学费冻结的期限已经结束，但除了个别地区，学费和住宿费政策仍然没有调整。

　　值得注意的是，我国现行的学费水平在不同层次、不同质量的高校间没有体现出应有的差别。这一状况既不利于公平又不利于效率。就公平而言，有多项实证研究表明，目前在就读高水平大学的学生中，具有城镇户口的学生比例远高于农村户口，并且该比例还在继续上升。这表明更高比例的家庭经济状况良好的学生既接受了高水平高等教育，又享受了相对低学费的优惠。从整个社会角度而言，这是不公平的。而对于就读高水平大学的家庭经济困难学生，对他们提供有针对性的学费资助则是更为公平的方式。就效率而言，长期的低水平收费不能补偿高校相应的办学成本，还会挤占其他的教学科研经费，不利于办学效率的提高。

　　（四）捐赠的功能尚没有得到有效发挥

　　美国是目前世界上举办研究型大学最为成功的国家。社会捐赠对包括公立大学在内的研究型大学发展的贡献居功至伟。此外，美国大学的捐赠基金都由专业机构和人员负责管理和投资运作。通过多样化的投资工具进行市场投资，从而实现捐赠基金的保值增值。值得注意的是，在美国以外的其他国家和地区，捐赠在公立大学收入结构中所发挥的作用还较为有限。

　　从是否有利于高校财务自主权实现的角度来评价《通知》的相关规定，可以发现，《通知》在建立健全中央高校经费投入机制方面具有一些重要的突破：

　　（一）优化整合专项，采取客观化分配方式，提高中央高校的经费统筹能力

　　过多的专项在很大程度上制约了中央高校财务自主权的有效发挥。为此，《通知》在以下几个方面作出了重要调整：

　　首先，将已有的用于改善办学条件、教学科研和重点建设等方面的13个专项，优化整合为6个专项。调整之后专项的数目大大缩减；同时，也降低了项目之间的重复交叉。

　　其次，在专项资金的分配中，改变过去行政色彩相对浓厚的分配方式，主要采取按照因素、标准、政策等相对客观的资金分配方式。调整后的分配方式提高了资金分配的透明度，促进了资金分配的公平性。