随着面部识别系统的应用，它也将改变海关迎接到达航班的方式。 CBP目前根据乘客的年龄、性别、国籍和其他数据，用复杂和秘密的“风险评估”算法指定某些旅客进行筛选。

如果这些算法认为某些乘客将会给国家安全带来风险，他们可能会在抵达或被拒绝进入美国之后，被拖到一边询问。

最近，由于政府想要收集有关旅行者在线活动的更多资料，海关机构也利用筛选流程来迫使签证持有人提供进入他们Facebook和Twitter帐户的信息。

将面部识别技术应用到到达航班将对二次筛选过程产生深远的影响，从而使海关能够在这个过程中较早地区分指定的乘客。

有人批评说，这可能使自动化风险评估更加有害。 电子隐私信息中心的Jeremie Scott目前正在处理一起诉讼，要求海关发布关于这个算法的更多信息，他认为海关应该使这个系统更加透明，才能使其更加强大。Scott告诉The verge：

“如果一个人由于机场面部识别系统而不断被放入高风险的名单中国年去，而他们自己还不知道为什么，也没有真正的追索权。这只是在乘客不知情的情况下进行的一个算法，“ “这样做，对于那些本不该属于危险行列却被标记为‘危险’的人来说，风险很大。”