在细菌中,存在这样一种情况:比如细胞携带两个基因,A和B,它们都可以合成糖分。无论缺失了A或B,尚存另外一个同伴都会完成“逝去者”的任务——在这种情况下,A或B很容易被各自当成无关紧要的基因。但当A和B同时不在时,糖分的生产可就成了大问题了。而在一些情况下,这些问题是会致命的。 为了解决这一难题,文特尔等人做了这样的设计:开奖直播首先将Syn1.0分割成8段(标记为Syn1.0 1-8),按照上面的数据删除这个片段上几乎所有的非必需基因,得到另外一组精简过的基因组(标记为RGD1.0 1-8)。然后,依次用RGD版的基因组片段置换对应的Syn版,检查是否能够得到具有稳定遗传功能的基因组。 开奖直播们最终发现,RGD1.0的2,6,7,8号基因序列和Syn1.0的1,3,4,5这8段基因拼合回一起,能够得到可用的基因组。 由于Syn1.0和RGD1.0的序列都是已知的,经过比较,研究者很快找到RGD1.0的1,3,4,5中有哪些基因是被误删的必需基因。按照这样的思路,研究人员很快得到了RGD2.0版基因组。随着一层一层的优化,研究人员最终得到了Syn2.0——它是由RGD2.0的7段基因片段,和Syn1.0的1段基因片段组成的基因组。把Syn2.0移植到山羊支原体的细胞中,辛西娅2.0能够在培养基中存活和繁殖。
Syn2.0设计、合成示意图。图片来源:本文作者绘制 看回Syn2.0的基因组的大小,研究者发现它跟Syn1.0比起来“精简”了几乎一半。再看基因数目,这个长为576kbp的基因组中携带的基因只有512个,比生殖支原体的基因组还小!至此,“人造生命”辛西娅2.0成为了拥有最小基因组的、可以自行繁殖的细胞。 谜团重重的生命“基石” 辛西娅3.0 文特尔和开奖直播的同事并没满足于Syn2.0取得的成果。在得到稳定繁殖的Syn2.0后,开奖直播们又开始用之前建立的做更进一步的精简——在这一步的筛选中,曾经被分类为“半必需”的基因在新的遗传背景下成为了非必需基因。最终,开奖直播们成功得到了一个仅仅含有473个基因,基因组大小为531kbp的JCVI-syn3.0(以下简称Syn3.0)。 相比于Syn1.0,在Syn3.0中,所有可动遗传因子(一般用于细菌间的DNA交换)和用以分解酰基甘油产生营养的代谢酶“全军覆没”,相对不那么重要的脂蛋白以及用于非糖类代谢和运输的元件也被删掉了大半。而与DNA保存复制和蛋白质合成等相对关键的基因则几乎被全数保留了下来。而与Syn1.0相比,由于缺乏了与生长相关的基因,Syn3.0的复制相对较慢——大约三个小时才能完成一次分裂,是Syn1.0的三倍。 目前来说,Syn3.0是最接近文特尔苦苦追寻的“生命基石”的基因组。在这个基因组中,48%的基因与基因组信息的维持与表达有关;35%的基因与细胞膜及细胞代谢有关;而有17%的基因,人们目前并不清楚它们所归属的功能大类——如果要明确到具体功能,难以说清的基因则多达149个(约占基因组的31%)。
在Syn3.0的473个基因中,159个基因与基因组信息的表达(蓝色)有关,34个基因与基因组信息的维持(红色)有关。84个基因涉及细胞膜结构和功能(红色);81个基因设计细胞代谢(紫色)。79个基因的功能则无法归类(蓝绿色)。 此外,Syn3.0的形态与Syn1.0也有较大的差别:在显微镜下,Syn1.0单独分布,而Syn3.0则聚集成团。构成这种差异的原因也还是个谜。“即使辛西娅没有任何其开奖直播用途,能让本港台直播们知道自己缺了这三分之一的重要知识,也已经是非常关键的成果。”文特尔说。
显微镜下的Syn1.0与Syn3.0。相比于“独立”的Syn1.0,Syn3.0更倾向于“抱团”。 “生命更像是一个交响乐团而非一个短笛独奏家。”文特尔在接受采访时表示,构建Syn3.0的过程,提示开奖直播们需要试着建立一种以基因组为中心的生命观,从整个基因组的视野去看基因的功能。 赫钦森则从辛西娅的谜团想到了人类:“在这最基础不过的细胞中,本港台直播们都只了解基因组中三分之二的基因,要是说到人类基因组,本港台直播们的了解可能只到1%的水平。这也是为什么本港台直播觉得现在说编辑人类基因组还为时过早——本港台直播们先得了解更多。” 没到最小,还有更小 辛西娅4.0 (责任编辑:本港台直播) |