律师辩称，关于薛彩芳被害时间，起诉指控是1991年6月1日上午9点，公安的结案报告却说是11时许作案，公安及检方却未对此做出说明；起诉书指控薛凤起强奸了被害人，除被害人在有罪供述中讲过其强奸了被害人外，没有被害人处女膜是否破裂、体内有无精斑（被告人供述射过精）的检验报告，也没有被害人受侵犯、有谁见到过被告人强奸被害人的证据； 此外，本案没有任何直接证据，间接证据均不能证明被告人犯有强奸杀人罪，没有证据证明被告人进入过犯罪现场，没有人证、物证证明被告人有作案时间。

　　律师在辩护词中称，薛凤起家到案发现场来回近3公里，当时天下过雨，被告人如做完起诉书所指控的全部罪行，即尾追、搏斗、掐死、脱衣、强奸、抱着尸体位移50米，下到沟里将尸体放好，返回第一现场整理死者的物品，又将部分物品（衣物、包）用火烧着、烧完，返回家中换衣服、洗衣服、刷草鞋，又到薛远光家从容不迫打麻将，没有一个小时的时间是完不成的，现场却未发现任何与薛凤起有关的物证，这个过程也没被人发现。

　　“这么详细的过程是怎么来的呢？相反，却有人证明，在这段时间内，被告人没有出现在犯罪现场，而是在程现立、韩发祥、韩本正家玩耍、要账、刨树，到底哪个是真实的，不是一清二楚吗？”律师还辩称，无法确定被害人是被掐死还是被勒死、吊死。

　　最终，长垣县法院还是认定薛凤起强奸杀人。认定薛凤起犯罪的证据除了现场勘查笔录外，就是薛凤起的有罪供述、两名证人发现薛彩芳鞋子的证言，以及薛彩芳母亲证言证明薛彩芳离家时所穿衣服、所带物品，程现立等人给薛凤起传纸条“此案是否作你说实话”等证言，无直接证据。

　　薛凤起家属在此案终审裁定后，从律所查到的律师阅卷笔录中，发现了当时长垣县法院作出判决的说明：

　　“被告人薛凤起强奸妇女、故意杀人一案，经审查卷宗材料，认为事实不清证据不足，于1993年3月30日，将此案退回长垣县检察院补充侦查，检察院未补充任何材料又将此案退回本院，遵照王院长指示，合议庭全体成员于1993年4月19日下午15时将此案向新乡市中院刑二庭王春元庭长做了汇报，王庭长听完汇报并查阅卷宗材料后答复，‘此案被告人供述的犯罪细节叫详细，没有直接证据也可定案。按新乡市政法委的意见，可以判’。鉴于案情重大，于1993年4月26日将此案向院审委会做了汇报，经审委会研究决定，薛（凤起）强奸杀人一案，按市政法委意见，被告人已构成杀人、强奸罪，因证据不足，决定依刑法判处薛凤起杀人罪有期徒刑15年，强奸罪10年，并罚执行20年，被告人赔偿被害人经济损失即丧葬费等8800元”。

　　1993年4月26日，长垣县法院做出一审判决：认定薛凤起犯故意杀人罪，判刑15年，犯强奸妇女罪，判刑10年，合并执行20年。

　　薛凤起上诉，新乡市中院于1993年12月23日作出裁定，认为此案依法不属于长垣县法院管辖，裁定撤销前述判决，由新乡市中院一审。

　　新乡市检察院的起诉取消了强奸妇女罪，指控薛凤起在1991年6月1日上午9时许，尾追本村女学生薛XX至本村南一小桥处意欲强奸，该女不从，薛凤起便将该女推进麦地，捺翻在地，后恐其喊叫罪行败露，急用双手掐住该女的脖子，将该女掐死。

　　新乡市中院认定了检察院的指控，“犯罪事实有现场勘查笔录、现场提取的物品、尸检报告及证人证言所证实，被告人薛凤起亦曾供述在卷”。对于薛凤起及其辩护人提出的其没有作案时间，要求依法宣告无罪的请求证据不足，不能成立，依法不予采纳。

　　1996年5月16日，新乡中院第一次做出一审判决，以故意杀人罪判处薛凤起死刑。薛凤起又上诉，河南省高院于1996年7月22日以原判事实不清为由，将此案发回重审。

　　1996年12月22日，新乡市中院第二次做出一审判决，依然判处薛凤起死刑。薛凤起再次上诉，河南省高院于1997年4月25日又以原判决认定薛凤起犯故意杀人罪事实不清为由发回重审。

　　1998年12月18日，新乡市中院第三次做出一审判决，改称“鉴于本案具体情况”，判处薛凤起死缓，赔偿被害人家属经济损失1万元。薛凤起继续上诉。河南省高院于1999年6月4日以此案“基本事实清楚、基本证据确实，足以认定”，裁定驳回上诉，维持原判。