今年1月，E20环境平台发起“78号文增值税收缴、返还情况”的调查。结果显示，确有部分地区存在未返还或返还不及时的情况。例如，由于“78号文”的目录对工业固废列举不全面，结果导致一些地方税务机关对目录中未列举的工业固废品类不予享受增值税退税70%的政策，使得企业最终实际税负高达16.5%左右，成本大幅增加。

　　此外，也有部分城市的税务工作人员由于对新的文件政策不熟悉，或是业务不熟练等原因，导致增值税退税70%返税不及时，影响到了环保企业的现金流，以及项目的再投资。

　　“整体来讲，中国的污水处理服务费大约比实际成本低了10%，本来水价就没到位，78号文实施后更是雪上加霜。”董秘何愿平向《华夏时报》记者表示。

　　4月12日，国务院新闻办就全面推开营改增试点有关情况举行吹风会，国家税务总局副局长汪康表示，增值税对核算的要求很高，如果企业操作得规范，运用得好税负就会下降；但如果企业仍是粗放式管理、不规范运作，税负就不能保证一定是下降，因为该抵扣的不能享受到抵扣。

　　财政部副部长史耀斌也表示，财政部、国家税务总局已经要求所有财税干部帮助培训企业的财务人员，理解好如何在新的增值税机制之下申报纳税，以免出现误解、误判或者人为制造出一些税负增加的情况。