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J2直播:【j2开奖】五步提速高性能计算分子动力学模拟(2)

时间:2016-07-20 16:09来源:报码现场 作者:j2开奖直播 点击:
从图五可以看出,使用AVX2指令集进行加速之后,NAMD、Gromacs和Lammps三个软件的性能均有所上升,其中以Gromacs的提升最大,提升了1.6倍左右。 内存使用情况



  从图五可以看出,使用AVX2指令集进行加速之后,NAMD、Gromacs和Lammps三个软件的性能均有所上升,其中以Gromacs的提升最大,提升了1.6倍左右。

  内存使用情况

  下图是浪潮天眼测试的Gromacs运行过程中的内存使用情况,其单一节点的内存使用在2GB左右,而运行同一算例的NAMD的单节点内存使用在4GB左右。

图一:药物设计开发过程(图片来源于Nature)

 

图六:浪潮天眼测试的Gromacs内存使用情况



  考虑到大部分的分子动力学研究的计算规模都是10万-100万原子数规模,因此可以看出分子动力学模拟应用对内存容量的需求并不是很大。这也就是说,运行这一类应用时,一般的双路高性能服务器就可以满足其对内存的需求,并不需要使用胖节点。

  内存带宽情况

  下图是浪潮天眼依次给出的Gromacs和NAMD两个软件在运行时某一节点的内存带宽情况。可以看到,经过前几分钟的调整之后,总内存读写带宽(红线)均维持在一个较为稳定的值;其中Gromacs的值在13GB/s,NAMD的值在25GB/s左右。

图一:药物设计开发过程(图片来源于Nature)

 

图七:浪潮天眼监测的Gromacs内存带宽情况

图一:药物设计开发过程(图片来源于Nature)

 

图八:浪潮天眼监测的NAMD内存带宽情况



  可以看出,在本测试算例中,两程序运行时对内存带宽的需求并不是特别大。但是,需要提到的是,内存带宽的大小是和算例规模有关系的,随着算例规模的增大,原子数的增多,程序对内存带宽的需求会变大。

  网络通信情况

  下面两个图依次是浪潮天眼测试的Gromacs和NAMD运行时的网络带宽情况,其中重合的红线和绿线分别对应IB网络的数据发送和数据接收。可以看出Gromacs运行时的网络通信带宽在300MB/s左右,而NAMD运行时的网络通信带宽则高达1000MB/s。

(责任编辑:本港台直播)
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